元气骑士当前有三大隐藏关卡，分别是沼泽、墓穴、溶洞，均在一村1-5击败BOSS后概率触发，满足特定互动条件即可开启，通关可获得专属buff与成就奖励。
沼泽隐藏关位于森林一村，核心是通过奉献池献祭武器触发。在森林普通房间找到奉献池，将武器投入其中，白色品质武器贡献1点、绿色2点、蓝色3点、紫色4点、红色5点能量，累计5点即可激活。此时1-5BOSS会固定变为变异哥布林祭师，击败后出现紫色传送门，进入即到沼泽关。该关卡地面覆盖沼泽，进入会持续减速，停留越久效果越强，BOSS为无垠黑暗之主，会召唤触手攻击，无伤通关可获得法杖伤害+1、无视陷阱伤害的专属buff。
墓穴隐藏关在沙漠遗迹一村，触发依赖解谜或暴力破门。击败1-5遗迹BOSS后，地图概率出现隐藏通道，进入后有石碑与棋盘解谜房间。解谜需在50秒内，操控方向键连接棋盘成对符号，路径覆盖全部方格，按攻击键确认，成功后开启传送门。也可使用一拳或超级大宝贝直接击碎入口，解锁“大力出奇迹”成就。墓穴内布满深坑，掉落扣血，打碎骨头概率掉落血瓶，BOSS为守墓甲虫王，拥有可恢复的护盾，需把握输出时机快速破盾。
溶洞隐藏关在冰川雪原一村，触发关键是解救矿工。击败1-5冰川BOSS后，概率出现被堵住的道路，随后天降铁笼，击碎牢笼救出矿工，矿工便会开辟通道，跟随即可进入溶洞。溶洞地面为冰面，行走会自动滑行，使用爆炸类武器会触发冰锥掉落，造成额外伤害。BOSS是溶洞冰虫，免疫冰冻，会吞噬冰块回血并强化自身，无伤通关可获得护盾恢复加速、附加冰盾的“体魄强健”buff，失败则会获得降低护盾恢复的负面因子。
三大隐藏关卡入口均为概率刷新，未出现时可返回重刷1-5关卡提高触发率。进入前建议补满血量与护甲，针对性搭配装备：沼泽关带毒抗装备与远程武器，墓穴关备高爆发武器，溶洞关选防滑装备与非爆炸类武器，提升通关效率。
