鸣神大社结界由神樱的力量、狐斋宫的仙术与雷神的雷元素法则共同构筑，核心是封印瘴晦、守护神樱根系并划分秘境边界，同时形成若雷结界限制外来者通行。
神樱是结界的根基，这株扎根影向山的神木，根系遍布鸣神岛，以自身力量净化土地瘴晦，其枝干延伸出的雷樱枝条，是结界能量的外放节点。狐斋宫作为白辰血脉的仙狐，以自身仙术与神樱力量融合，布下多层结界，既隔绝外界侵扰，也将瘴晦禁锢在特定区域，防止扩散污染鸣神岛。雷神以雷元素法则加持，让结界具备雷属性抗性与压制力，未携带对应等级雷种子者进入，会持续受到雷元素伤害，以此筛选并保护秘境与神樱核心区域。
结界分为两类，一类是环绕鸣神大社与神樱的全域屏障，依托神樱主根与狐斋宫的核心法阵，稳定维持千年，是鸣神岛的守护核心；另一类是散落在稻妻各地的若雷结界，由神樱旁枝能量形成，按等级划分，需对应等级雷种子才能突破，雷种子等级由神樱眷顾等级决定，供奉雷之印提升神樱等级，可解锁更高阶若雷结界通行权限。神樱大社地下还有专属秘境结界，是神樱大祓任务的关键区域，封印着神樱根系积聚的瘴晦瘤，需完成系列解谜与祝祷才能破除。
玩家探索时，需先完成稻妻主线解锁神樱系统，在鸣神大社周边雷樱枝条处召唤雷种子，携带后可突破对应等级若雷结界。神樱大祓任务中，需前往鸣神大社获取留念镜，用其观察地狐雕像获取言灵，在天狐雕像处念出言灵取得镇物，再将镇物放入结界雷灯台，按鸟居图案调整勾玉数量完成祝祷，逐步破除瘴晦结界，最终击败瘴晦瘤完成净化，过程中需准备护盾或治疗角色应对雷元素持续伤害。
