巡洋舰的强化始于其蓝图等级的提升，每提升一级将获得宝贵的1点技术值，这是进行所有后续强化的基石。技术值作为通用资源，可以自由且有策略性地分配到舰船的不同子系统上，包括武器、装甲、动力等核心模块。这种自由分配的特性允许玩家根据即时的战场需求或长远的舰队规划来定制每一艘巡洋舰，其最大优势在于技术值可以无消耗地随时重置，为战术试错和配置调整提供了极大的灵活性，让指挥官们能够探索最适合当前舰队生态的强化路径。
针对巡洋舰的不同子型号和战术定位，强化配置呈现出明显的差异化选择。对于以火力输出为核心的舰船，如艾奥级攻坚离子炮巡洋舰，强化重点通常放在其主武器系统上，优先提升离子炮的伤害和命中率，以最大化其针对中大型目标的杀伤效能。而对于卡利斯托集束鱼雷袭击舰这类专精反巡洋舰的舰船，其强力的策略技能往往是必选项，它能带来针对性的巨大伤害增幅。防御向的巡洋舰，例如担任前排肉盾的型号，则应优先将技术值投入到装甲系统中，强化物理与能量伤害抵抗、结构值等生存属性，确保其能在前线站稳脚跟。载机型巡洋舰的强化则聚焦于其机库系统，提升舰载机的锁定速度、冷却与伤害，以增强航空作战效率。
装备系统与生存能力的强化构成巡洋舰基础防御的另一方面。装甲系统是提升舰船耐久度的关键，具体强化选项通常包括增强焊接工艺以直接增加结构值，以及进行装甲淬火处理来提升抗打击能力。能量涂层的升级则专门用于提高对能量武器伤害的抵抗能力，这在当前能量武器较为常见的战斗环境中尤为重要。对于部分配备能量护盾的舰船，强化护盾系统也是可行的选择。在技术值有限的情况下，指挥官需要在输出与生存之间做出权衡，通常依据该舰船在舰队编成中的位置来决定优先强化攻击还是防御模块，以确保其能有效发挥预设的战术作用。
武器系统的深度调校是进一步提升巡洋舰作战效能的进阶手段。在完成基础的技术值分配后，玩家可以消耗特定的技术蓝图对武器进行调校，以获取更高的攻击力加成。这个过程存在成功率设定，有经验的指挥官会采用类似垫刀的策略来提高高级调校的成功几率。从通用理论上看，武器强化的属性选择存在优先级，对于单发伤害高的武器，提升暴击率或暴击伤害往往能带来最大的收益提升；其次是缩短武器的冷却时间，增加攻击频率；最后才是直接增加伤害百分比。这种基于伤害计算公式的认知，有助于在众多强化选项中做出更有效率的选择。
巡洋舰的强化配置并非孤立进行，还需紧密结合其在舰队中的阵型搭配与战术定位。在流行的航刺队这类侧重侧翼突袭的编队中，所搭配的猎兵级载机巡洋舰或刺水母特种型，其强化就需要极致化输出和速度，甚至可以完全舍弃防御属性，以追求极致的爆发与机动性。而在正面作战的主力舰队中，承担前排防御职责的巡洋舰则必须确保生存能力的强化。一些巡洋舰具备独特的策略技能，如对航母的特攻、或为舰队提供防空链增益，激活这些技能往往需要投入大量技术值，但能从根本上改变舰船的战场角色。最终的强化方案是舰船自身特性、舰队整体构思以及预期交战对手三者共同作用下的个性化选择。
