少年三国志2中的技能系统是游戏核心玩法之一，主要分为主动技能和被动技能两大类型。主动技能由玩家在战斗中手动释放，通常具有高额伤害或强效控制效果；被动技能则自动触发，提供各种增益或特殊效果。每个武将都拥有独特的技能组合，这些技能不仅决定了武将的定位，也影响着整体阵容的搭配策略。技能效果包括伤害输出、治疗恢复、控制限制和属性增益等多种类型，合理运用这些技能是取得战斗胜利的关键。
武将技能会随着等级提升而增强，部分高阶技能还能解锁额外效果。比如某些主动技能在达到特定等级后可以附加眩晕、沉默等控制效果，而被动技能升级后可能提高触发概率或增强效果数值。技能之间的联动也是需要考虑的重要因素，某些武将的技能会针对特定状态（如灼烧、中毒）的敌人造成额外伤害或触发特殊效果。不同阵营的武将技能风格各异，吴国擅长群体攻击和持续伤害，魏国偏向控制和爆发，蜀国侧重单体输出，群雄则具有更多样化的技能组合。
战法系统是技能体系的延伸，为主角提供额外的战斗能力。战法分为攻击型、辅助型和治疗型三类，可以通过特定途径获取和升级。高品质战法往往具有改变战局的效果，如群体减益、清除控制或百分比生命伤害等。战法的搭配需要考虑队伍整体需求，通常一个队伍会配备1-2个攻击战法配合辅助或治疗战法。战法效果与武将技能可以形成互补，比如控制型战法配合高爆发武将技能可以快速消灭关键目标。
合击技能是少年三国志2的特色系统，由特定武将组合触发。与普通技能不同，合击技能不受武将存活状态限制，只要积攒足够的合击值即可释放。合击技能效果多样，包括群体伤害、控制、治疗等，且具有专属动画特效。兵符系统进一步丰富了合击玩法，通过兵符升星和强化可以提升合击技能效果并增加全体属性。合理的合击技能选择可以在关键时刻扭转战局，是高端战斗中的重要策略点。
神兽技能是后期解锁的特殊能力系统，为战斗提供强力支援。神兽技能通常在特定条件下自动触发，如我方武将阵亡或血量降低至阈值时。不同神兽具有不同特性的技能，有的侧重输出，有的擅长治疗或提供护盾。神兽技能效果强大且无视防御，合理搭配可以显著提升队伍生存或输出能力。随着神兽培养度的提高，技能效果会不断增强，部分高阶神兽技能还能破除敌方特殊状态。
